目前上市的疫苗，大多数都有产生发烧的可能性，只是其机率多寡而已。打疫苗为什么会引起发烧或其他副作用呢？有些是疫苗的免疫抗原活性使然，有些则是疫苗其他成分或佐剂造成的影响。最容易产生发烧反应的疫苗，就属传统型的三合一疫苗了。由于其中的百日咳疫苗成分未经过纯化，接种后引起发烧或局部肿痛、哭闹等反应的机率较高。
而新型(非细胞型)三合一疫苗，是将其有效免疫成分纯化以除掉有害物质，来减少施打疫苗后所产生的不良反应。但必须厘清的观念是，新型疫苗使发烧的机率减少，并不是代表绝对不会引起发烧原则上发烧是打完疫苗后在一定期间内的预期反应，只要宝宝的活力、胃口无太大影响，对身体并无大碍。毕竟疫苗的反应并非绝对，若真的在意为宝宝花了钱却还是引起发烧，或许首次接种可先选择健保的传统型三合一疫苗，若反应良好则继续施打，如果出现发烧反应，则视此次副作用的严重程度，来决定下次是否选择改打新型的疫苗。
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