新鲜胚胎质量较好
新鲜胚胎的质量当然比冰冻胚胎的质量好，但由于冰冻胚胎技术进步，所以两者其实相差不多。
冰冻胚胎怀孕率已超越新鲜胚胎！
但若是比怀孕率，根据国健局的数据显示，2009年之后，冰冻胚胎解冻后的怀孕率，已经超越新鲜胚胎了!因为若使用冰冻胚胎，会先让不孕太太吃药，等到子宫内膜长好了、动情素够高了、身体调到较好的情况时，再将发育到第五天囊胚期的冰冻胚胎解冻植入。由于能发育到第五天的都是比较好的胚胎，加上冰冻胚胎技术进步、等到有利环境才植入，所以胚胎的存活率及良率都比较高。
两者各有优点
所以两者的优点不一样!若考虑胚胎质量的问题，使用新鲜胚胎当然比冰冻胚胎好，而且治疗周期当月就可以期待怀孕的机会!但当新鲜胚胎无法植入，或这周期植入会有过度刺激的危险，或此周期黄体素过高时，就不适合植入新鲜胚胎，才会选择在之后适合的周期再植入冰冻胚胎。因此，能植入新鲜胚胎最好，但若不适合新鲜植入也不用担心，还有冰冻胚胎可以选择，冰冻及解冻技术、怀孕率、良率都非常好!
虽然目前冰冻胚胎植入的平均怀孕率高于新鲜胚胎植入的平均怀孕率，但要使用新鲜胚胎植入或冰冻胚胎植入?要依病人当时情况而定，当然也要视各个生殖医学中心的情况而定，不是每一家都有足够的设备、人力跟技术。
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