世界卫生组织相关文件指出：“一般认为，国际市场上现有的各种乙肝疫苗产品在免疫学上是相当的，可以交替使用。”无论哪个厂家生产的乙肝疫苗都含有刺激机体产生抗体作用的病毒基因片段，它们的作用都是一样的，因此可以交换使用。
少数儿童对乙肝疫苗的免疫反应较差，这可能与机体对疫苗的反应有关，也可能与疫苗的抗原结构有关。因此有医生认为，对重组酵母乙肝疫苗免疫后低应答或无应答者换用高剂量的中国仓鼠卵巢细胞（CHO）疫苗或甲乙型肝炎疫苗联合免疫，可提高免疫成功率。
乙肝疫苗与儿童常规使用的其他疫苗没有相互作用。国内早有研究表明，乙肝疫苗与卡介苗、百白破疫苗、三价混合脊髓灰质炎活疫苗和乙型脑炎疫苗一起免疫接种相互间无干扰作用。
世界卫生组织关于乙肝疫苗的立场性文件时指出：“乙肝疫苗既有单价配方，也有与其他疫苗（如百白破疫苗、b型流感嗜血杆菌疫苗、甲肝疫苗和灭活脊髓灰质炎疫苗）一起制成的固定配方联合疫苗，这些联合疫苗的免疫应答和安全性与各疫苗成分单独使用时相当。只有在出生时要求使用单价乙肝疫苗。”因此，除出生第一针乙肝疫苗外，以后也可以改用含有乙肝疫苗成分的其他联合疫苗。
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