尽管目前先天性心脏病的具体发病机制尚未完全明确，但大多数先天性心脏病的发生目前认为是环境因素所致，这些高危因素主要有：早期的宫内感染，如风疹病毒感染、腮腺炎等；与大剂量的放射线接触，如孕期照X光片；有服药史，如服用抗癌药、降糖药、抗癫痫药等；有代谢紊乱的疾病或引起宫内缺氧的慢性病，如糖尿病、高钙血症；妊娠早期酗酒、吸毒、抽烟等。
由于心脏的胚胎发育主要在胎儿期的3-8周完成，在这段极为关键的时间里，如果准妈妈有以上高危因素常可导致胎儿心脏大血管发育异常。因此，准妈妈在怀孕初期应尽量避免接触上述有害因素，若家族中有相关的遗传病史应进行基因检测，在怀孕中期应进行胎儿心脏彩超检查，以利于早期发现先天性心脏病患儿。近年来，在早期排查的方法上已经有了重大进展，准妈妈在怀孕早期进行唐氏筛查常可发现部分患儿。
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