孕酮临床主要用于习惯性流产、痛经、经血过多或血崩症、闭经等。口服大剂量也用于黄体酮不足所致疾患，如经前综合征、排卵停止所致月经紊乱、良性乳腺病、绝经前和绝经期等。阴道给药可替代口服，特别对肝病患者。其中主要作用为：
①为受精卵着床做准备：在女性月经周期后期，黄体酮会使子宫粘膜内腺体生长，子宫充血，内膜增厚，为受精卵植入，作好准备。
②受精卵植入后，会使之产生胎盘，而且，还会减少妊娠子宫的兴奋性，抑制其活动，使胎儿安全生长。
③促进乳房发育：黄体酮在与雌激素共同作用之下，可促使女性乳房，充分发育，为产乳，作好充足准备。
④抑制排卵：黄体酮可使子宫颈口闭合，粘液减少变稠，使精子不易穿透；大剂量时，可通过对下丘脑的负反馈作用，抑制垂体促性腺激素的分泌，产生抑制排卵的作用。
⑤利尿：黄体酮竞争性对抗醛固酮，可促使钠离子、和氯离子的排泄，并利尿。
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