1、内分泌失调：胚叶早期发育的时候，需要三个重要的激素水平，即雌激素、孕激素、人绒毛膜促性腺激素。作为母体来讲，如果体内内分泌失调，导致自身的内源性激素不足，就满足不了胚叶的需要，就有可能造成胚叶的停育和流产。
2、免疫因素：妊娠宫内的胚叶或胎儿实属同种异体移植，因为胎儿是父母的遗传物质的结合体，其和母体不可能完全相同。若母-胎间的免疫不适应，可引起母体对胎儿的排斥。
3、子宫异常：子宫里的内环境和子宫整体的环境都有可能对胚叶发育产生影响。内环境就是子宫内膜，如果太薄、太厚都会影响着床。外环境是指子宫发育异常，如单子宫、双子宫及双角子宫致宫腔狭小等，其常因子宫腔体积较正常小，而导致胚叶发育到一定月数时，导致胚叶发育异常。
4、染色体的问题：染色体异常包括数量和结构异常，数量上的异常可分为非整倍体和多倍体，最常见的异常核型为三倍体，而16三体又占1/3，常有致死性。关于染色体问题目前的研究认为染色体间配对、互换和分离形成配子，配子结合形成合子。如果其中的合子有异常的，则导致不能正常发育，可导致流产、死胎、死产、畸形儿。
5、生殖道感染：妊娠早期严重的生殖道感染可引起胚叶死亡或流产，较轻感染亦可引起胚叶畸形。近年来研究表明，支原体感染与胚叶停止发育有关，胚叶停止发育妇女宫颈分泌物支原体感染阳性率明显高于正常妇女，并有极显着差异。
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