先天性心脏病具有一定程度的家族发病趋势，但遗传学研究认为，多数的先天性心脏病是由多个基因与环境因素相互作用所形成，也就是说父母亲有先天性心脏病，并不能直接导致子女得病。
先天性心脏病的发病机制比较复杂，只能说是遗传和环境多方复杂因素相互作用的结果，如孕早期的病毒感染、孕期营养缺乏、羊膜的病变、胎儿受压、妊娠早期先兆流产、糖尿病等。
先天性心脏病与母体密切相关。如果在怀孕期间（主要是前三个月）母亲患了病毒感染，尤其是风疹、腮腺炎、流行完美冒，就很可能引起胎儿心脏畸形，由于心脏的发育成形是在怀孕后的头三个月；怀孕的母亲服用太多的镇静药、抗菌素（主要是四环素、土霉素、金霉素）和奎宁等也是起因之一；母亲患上“糖尿病”、“甲状腺性能亢进”等病时，也会使胎儿心脏发育不正常；高龄妇女的多产儿轻易有先天性心脏病及其他畸形；怀孕期间接触放射线，饮食中缺乏叶酸，孕妇的心情不佳等，均与婴儿先天性心脏病有联系。
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