神经系统应引出Moro反射，吸吮反射和觅食反射。正常情况下，深部腱反射应存在并两侧对称。
皮肤皮肤通常是红润的，但在生后最初几小时常出现手足发绀。几天后发生干燥，蜕皮，尤其是足踝和手腕皱褶处。因为分娩时受产道挤压，头位娩出的婴儿在头面部可见到瘀斑，但若见于脐以下部位皮肤时，则表示有异常。在妊娠24周以后，新生儿体表大多覆盖一层胎脂，妊娠40周后逐渐消失。
头部头位产时头部可变形，有颅缝重叠和头皮水肿和/或瘀斑(产瘤)。臀位产时，头部通常不变形，水肿，瘀斑出现在先露部位(如臀，生殖器或足)。囟门直径变化从指尖至几个厘米。头颅血肿是血液聚集在骨和骨膜之间而产生的一个不超过骨缝的肿胀。可发生于一侧或两侧顶骨，偶见于枕骨。头颅血肿通常在生后最初几小时，水肿消失前不明显，几个月后才逐渐消失，不必抽吸。
由于宫内胎位影响可能会出现面部不对称。但当婴儿啼哭时有鼻唇沟和眼周皱纹不对称，应疑及面神经瘫痪。
眼睛睁开时两眼应对称，瞳孔等大，有对光反应，眼底清晰可见。如果以直接检眼镜检查有红光反射，可排除玻璃体混浊。巩膜出血是常见的。
耳朵的检查可确定胎龄，尚须检查耳朵的位置；耳位低常标志有肾脏或遗传性疾病。耳道应该是张开的并可看得见鼓膜。廉价手提式听力测定器虽可测试新生儿听力，但在总体筛查中，其可靠性和有效性尚待证实。脑干听觉诱发反应的测试可应用于高危病人，应该仔细询问有无家族性耳聋病史，胎儿期风疹，新生儿黄疸或母亲或新生儿曾否接受氨基糖苷类抗生素治疗。
口腔应检查上腭和悬雍垂完整与否，有无牙龈囊肿和先天性舌系带过短(舌系带短缩)。在硬腭上出现小珠样隆起(Epstein小结)和小溃疡(Bednar口疮)是正常的。另外还需检查婴儿的吸吮能力。
腹部由于10%的新生儿可有腹部畸形，需要在生后头几天内仔细观察，包括肾脏和其他器官形状，大小或位置的异常。正常情况下，肝脏在肋缘下1~2cm处可触及，脾尖很容易被触及。一般两侧肾脏均可触及，左侧比右侧更容易触及，若不能触及肾脏，可能存在肾缺失或发育不全。巨大肾可能由梗阻，肿瘤或囊性病变引起。男婴不能排尿提示有后尿道瓣。由于脐周围肌肉系统薄弱，脐疝很常见，但很少引起症状，或需要治疗。
生殖器足月男婴的睾丸应在阴囊内，新生儿常发生鞘膜积液和腹股沟疝。一个硬的变色的阴囊肿块可能是睾丸扭转，尤其是臀位产时。虽然睾丸扭转很少见且在新生儿期疼痛不明显，但属外科急诊。如扭转存在，通过斑痕的分布和睾丸的硬度可鉴别睾丸扭转还是单纯性挫伤。若是鞘膜积液，肿块是透光的。女婴阴突出，可出现暂时性和非刺激性的粘液，偶尔呈血性的分泌物(假月经)，然而如有血块时应加以检查。阴系带后可见一小肿物，认为是母亲激素刺激所致，几周后即消失。
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