国内外学者对避孕药具的致畸作用做了大量的研究，但至今仍有不同的看法。结果发现，妊娠头6个月染色体畸变率增加。如果胎儿在1个月内被误导或停止服用胎儿，先天性畸形疾病的发病率就会增加。
据国外报道，近几十年来，阴道癌女孩的发病率有所上升，而且发现这些孩子的母亲大多在怀孕期间使用过雌激素。因此，孕期服用雌激素可能影响下一代女婴。由于口服避孕药含有大量的孕激素和少量的雌激素，它可能会导致男性胎儿，并增加阴道癌的发病率。
有人认为，不使用避孕药，或停止使用避孕药后立即使用，会造成胎儿脊柱、肛门、心脏、气管食管、肾脏和四肢畸形。然而，也有一些人不同意。他们发现服用药物的妇女与未服用药物的妇女的胎儿畸形率没有显著差异。一些学者在培养法、淋巴细胞进行了研究，没有发现染色体异常。英国皇家医师协会公司通过大量调查，对比了5000名之前或早期使用过口服避孕药的人和10000名没有服用避孕药的人，发现在畸形率分娩的婴儿数量没有差别。这证明口服避孕药不会造成胎儿畸形。此外，国外口服避孕药1号片中孕酮炔诺酮含量为2。
5mg，而目前中国使用的口服避孕药1号片中仅含0.625mg孕酮炔诺酮，是国外的1/4。因此，它更安全，不用担心。
尽管如此，人们普遍认为，在只有一个孩子的情况下，要生优秀的孩子，所以最好小心。如果口服避孕药想至少3个月后停止服药，最好能停半年。但是，在戒断期间，还应使用其他可靠的避孕措施。
计划生育的母亲在用药上要谨慎。卵子从最初的卵细胞成熟需要14天。在此期间，卵子最容易受到药物的影响。如果一些激素类药物、一些抗生素、止吐药、抗癌药、安眠药、治疗精神疾病的药物等，它们会对生殖细胞产生不同程度的不良影响。因此，长期服药后不要着急，最好去妇科会诊，确保在安全期内怀孕。一般来说，女性在停止服药20天后就怀孕了，对宝宝影响不大，相对安全。但由于不同药物的药理作用不同，不能一概而论，20天只是最低底线。
如果在用药过程中发生意外，应立即详细告知医生用药情况。医生可以根据用药类型（性质）、胚胎发育阶段、用药量、疗程长短等综合分析终止妊娠的必要性。不要马上决定终止妊娠，留下遗憾。
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