怀孕三个月肚子疼的原因分为生理性和病理性两种，生理性因素引起的肚子疼属于怀孕的正常反应，不需要太担心，但是病理性因素引起的肚子疼，则需要高度警惕，因为很可能是先兆流产或者宫外孕。
怀孕三个月肚子疼的原因
生理性肚子疼，比如子宫增大拉扯了周围的轫带，会导致肚子疼，这类肚子疼主要发生于起身弯腰等姿势改变时，另外孕妇身体其他部位韧带拉伸也会引起肚子疼，这些类型的肚子疼不需要特别处理，属于正常现象。
子宫肌瘤，子宫肌瘤引起的肚子疼，来的会比较突然，并且是局部疼痛，也就是说固定的某个地方疼痛，这类情况需要及时医治。
卵巢肿瘤，卵巢肿瘤也会引起肚子疼，主要表现为绞痛、腹部不适、腹部异常膨大等，这类情况也必须马上去医院。
宫外孕，如果怀孕三个月肚子疼并伴随有阴道出血，那么很可能是宫外孕，属于严重威胁孕妇健康的疾病，需要马上去医院确诊并及时抢救，建议阅读文章 宫外孕早期症状。
先兆流产，怀孕三个月肚子疼也可能是先兆流产，主要症状是轻微的下腹疼痛，并且疼痛是阵发性的，这类情况需要及时就医。
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